پساب تصفیه فاضلاب شهرک صنعتی شکوهیه قم به دلیل حجم ورودی زیاد به این تصفیه خانه، موجب بروز معضلاتی زیست محیطی و بهداشتی از جمله انتشار بوی نامطلوب، خشک شدن پوشش گیاهی منطقه و آلوده نمودن منابع زیرزمینی آبی به دلیل وجود آلاینده‌های صنعتی در نواحی پایین دست و در مسیر رسیدن به قمرود شده است. این شرایط در حالی است که کمتر از ۳۰۰ واحد صنعتی از بین هزار و ۳۰۰ واحد مستقر در شهرک شکوهیه قم به این تصفیه خانه متصل هستند و از این پساب هم استفاده بهینه‌ای نمی‌شود.